Hüseyin b. Hasan ve onunla birlikte bulunan aile fertleri, halkın kendilerine karşı tutumunun davranışları sebebiyle değiştiğini gördüklerinde ve Ebû’s-Serâyâ’nın öldürüldüğü, Kûfe, Basra ve Irak bölgelerinde bulunan Tâlibîlerin kovulduğu ve Abbâsîlerin yeniden kontrolü ele aldığı haberini aldıklarında, hep birlikte Muhammed b. Ca‘fer b. Muhammed b. Ali b. Hüseyin b. Ali b. Ebî Tâlib’e gittiler.
Bu kişi ileri yaşta, son derece yumuşak huylu, halk tarafından sevilen ve ailesinin birçok ferdinin işlediği kötü fiillere hiçbir şekilde karışmamış biriydi. Babası Ca‘fer es-Sâdık’tan din ilimleriyle ilgili rivayetlerde bulunur, insanlar da ondan bu bilgileri yazıya geçirirlerdi. Ayrıca güzel ahlâkı ve zühdü ile tanınırdı.
Ona şöyle dediler: “Senin insanlar nezdindeki yüksek konumunu biliyorsun. Ortaya çık ve biz sana halife olarak biat edelim. Bunu yaparsan hiç kimse senin konumuna itiraz etmez.”
O bunu kabul etmedi. Ancak oğlu Ali b. Muhammed b. Ca‘fer ile Hüseyin b. Hasan el-Aftas ısrar etmeye devam ettiler ve sonunda onu ikna ederek kendi görüşüne rağmen bu işi kabul ettirdiler.
Bunun üzerine 6 Rebîü’l-Âhir 200 (13 Kasım 815) Cuma günü namazdan sonra onu ortaya çıkardılar. Ona halife olarak biat edildi. Mekke halkı ve orada bulunan yabancılar topluca onun etrafında toplandılar; isteyerek veya istemeyerek ona biat ettiler ve ona “Müminlerin Emiri” diye hitap ettiler.
Birkaç ay bu makamda kaldı; fakat yalnızca unvanı vardı, gerçek iktidar yoktu. Oğlu Ali, Hüseyin b. Hasan ve taraftarları son derece taşkın davranışlar sergilediler ve ağır kötülükler işlediler.
Hüseyin b. Hasan, Kureyş’ten Benî Fihr’e mensup çok güzel bir kadına saldırdı. Kadının kocası Benî Mahzûm’dandı. Kadına kendisine gelmesini emretti, fakat kadın bunu reddetti. Kocasını tehdit etti; bunun üzerine koca saklanmak zorunda kaldı. Geceleyin Hüseyin adamlarını gönderdi, evin kapısını kırdırdı, kadını zorla aldırıp kendi yanına götürdü. Kadın Mekke’den ayrılmasına yakın bir zamana kadar onun elinde kaldı; sonunda kaçıp ailesine dönebildi.
Ali b. Muhammed b. Ca‘fer ise Mekke kadısının oğlu olan yakışıklı bir genç, İshak b. Muhammed’e saldırdı. Gündüz vakti, herkesin gözü önünde Safâ’da bulunan evine girerek onu zorla aldı, atına bindirdi ve kendisi de arkasına binerek onu çarşıdan geçirip Bi’r Meymûn’a götürdü.
Bunu gören Mekke halkı ve oradaki yabancılar Mescid-i Haram’da toplandılar. Çarşılar kapatıldı, Kâbe’yi tavaf edenler de onlara katıldı. Hep birlikte Muhammed b. Ca‘fer’e gidip şöyle dediler:
“Eğer oğlunun aldığı bu genci bize geri vermezsen sana verdiğimiz biati bozacak ve seni öldüreceğiz.”
Muhammed kapıyı kapattı ve pencereden onlara şöyle dedi: “Bundan haberim yoktu!” Hüseyin b. Hasan’a haber göndererek oğlundan genci geri almasını istedi, fakat Hüseyin bunu reddetti.
Bunun üzerine Muhammed halka, kendisine güvence verilirse gidip genci alacağını söyledi. Ona güvence verdiler. Tek başına gidip oğlundan genci aldı ve ailesine teslim etti.
Kısa bir süre sonra Abbâsîlerden İshak b. Musa Yemen’den geldi ve Muşeş’te konakladı. Âlîler Muhammed b. Ca‘fer’in etrafında toplanarak hendeğin kazılmasını ve sur yapılmasını önerdiler. Çevre kabilelerden destek sağladılar ve onlara para verdiler.
İshak birkaç gün savaş yaptı, sonra çekildi. Yolda Varkā‘ b. Cemîl ve birlikleriyle karşılaştı. Onların teşvikiyle geri döndü. Mekke yakınlarında tekrar savaş başladı. Bi’r Meymûn’da yapılan savaşta iki taraftan çok sayıda kişi öldü ve yaralandı.
Sonunda Muhammed b. Ca‘fer’in tarafı yenildi. Bunun üzerine Muhammed, Kureyş’ten bazı kişileri göndererek kendilerine güvence verilmesini istedi. İshak ve Varkā‘ üç gün süreyle güvence verdiler.
Salı günü Cemâziyelâhir ayında (Ocak-Şubat 816) Mekke’ye girdiler. Varkā‘, Mekke valisi oldu. Âlîler şehri terk etti.
Muhammed b. Ca‘fer Cidde yönüne gitti, ardından Cuhfe’ye yöneldi. Ancak yolda Abbâsîlerin bir kölesi olan Muhammed b. Hakim tarafından yakalandı. Malları tamamen alındı, neredeyse öldürülecekti; sonunda sadece birkaç giysi ve az miktarda para verilerek bırakıldı.
Daha sonra sahil bölgesinde Cüheyne kabilesi arasında kaldı. Hac mevsimini bekledi ve destek toplamaya çalıştı. Ancak kendisine söz verenlerden kimse gelmedi.
Bunun üzerine el-Culudî ve Recâ b. Ebî’d-Dahhâk’tan güvence istedi. Kabul edildi ve 19 Zilhicce 200 (19 Temmuz 816) tarihinde Mekke’ye getirildi.
Minber kuruldu ve halk toplandı. Muhammed b. Ca‘fer siyah elbise ve başlıkla, fakat kılıçsız olarak minberin altında durdu. Sonra konuşma yaparak daha önce Me’mûn’a biat ettiğini, onun öldüğü haberini alınca bu görevi kabul ettiğini, ancak artık onun hayatta olduğunu öğrendiğini söyledi.
Biatı geri aldığını ilan etti ve halifelik iddiasından vazgeçtiğini açıkladı. Ardından minberden indi.
Daha sonra Irak’a götürüldü ve sonunda Me’mûn’a teslim edildi.
Aynı yıl İbrahim b. Musa, Yemen’den bir akrabasını büyük bir kuvvetle Mekke’ye göndererek hac emirliğini ele geçirmek istedi. Ancak bu kişi direnişle karşılaştı ve Mekke’ye giremeden geri püskürtüldü.